Markby är en relativt ung by i Nykarleby socken och bildades först i slutet av 1700-talet. Tidigare hörde byns områden till byn Kovjoki och Strömmen i Pedersöre storsocken. De två hemman som ursprungligen fanns där var Marken, även kallad Öfver Kierr, och Finne, även kallad Ytter Kierr. Från år 1875 hör Markby till Nykarleby. Kyrkligt hörde Markbygårdarna till Nykarleby redan från år 1607.

Bynamnet Markby har sitt ursprung i Marken, eller Markbygden som omnämns i många sammanhang redan på 1500-talet, bl.a. i samband med att prästerna skulle förrätta gudstjänst i Markbygden även kallad Träskbygden. Denna bygd var ett vidsträckt område inom Pedersöre storkommun som sträckte sig i sydost ända till Lappajärvitrakten.